日本てんかん学会が認定する専門医・指導医制度は、てんかんの適切な診断と治療を行うために必要な臨床経験を有する医師を養成し、てんかんをもつ人々の医療に寄与することを目的とした制度です。当院にはてんかんセンターがあり、日本てんかん学会認定研修施設、日本てんかん学会認定の包括的てんかん専門医療施設であり、徳島県よりてんかん支援拠点病院に指定されています。脳神経外科では年間25症例以上の手術を行っており、年間50症例程度のビデオ脳波モニタリング検査を実施しています。月に1回のてんかん症例検討会、年に1回脳波セミナーを実施しており、日本てんかん学会専門医・指導医になるための環境が整っています。その他日本臨床神経生理学会専門医、迷走神経刺激療法（VNS）認定医も取得可能です。