脳腫瘍、二分脊椎・水頭症などの先天性疾患、頭部外傷、脳血管障害、てんかん、機能などの広い領域の疾患を治療対象としています。
小児脳腫瘍は小児科、放射線科と協力し、手術・化学療法・放射線治療と集学的な治療を行い良好な成績成績を得ています。また、疾患により陽子線治療を選択する場合は、関西圏の病院へ依頼もしています。
もやもや病や動静脈奇形などの血管障害は、髙木教授を筆頭とした脳血管障害チームと協力して行います。てんかんや機能手術も成人チームと協力し治療を行っています。
また、さらに専門的治療が必要となるような疾患の場合は、四国こどもと大人の医療センター（香川）や関西圏の病院へ紹介することもあります。
水頭症
水頭症は種先天性疾患や腫瘍、囊胞性疾患に関連して生じる小児脳神経外科で最も頻度の高い病態の一つです。水頭症治療で最もよく行われているのはシャント手術です。シャント手術以外にも、月齢や病態に応じて、頭皮下に脳室カテーテルと直結するリザーバを留置し、リザーバから間歇的に脳脊髄液を穿刺排出させる方法や、最近では、病態により神経内視鏡手術を併用し、複雑な水頭症の治療も行っています。成人と比較して、感染、閉塞などの合併症が多く、機能不全による急性水頭症により重篤な状態に陥ることがあります。このような緊急のシャント機能不全にも対応致します。
二分脊椎
脊髄髄膜瘤や脊髄脂肪腫が代表的な疾患です。胎児期に診断がついた場合は、産婦人科・新生児科と協力し、出産・出生後の治療を行っています。また、治療前後、必要に応じて当院小児科、小児外科、小児泌尿器科、徳島赤十字ひのみね総合療育センター整形外科と協力しながらフォローアップしています。